基于文獻的生物醫(yī)學(xué)知識發(fā)現(xiàn)方法與工具 .ppt

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基于文獻的生物醫(yī)學(xué)知識發(fā)現(xiàn)方法與工具 內(nèi)容 Swanson關(guān)聯(lián)研究及其工具Arrowsmith的使用Bitola的使用生物醫(yī)學(xué)信息檢索技巧 背景與意義 發(fā)表文獻 研究深入 知識分裂 文獻量 一 Swanson的知識發(fā)現(xiàn)法的背景 Swanson教授認(rèn)為 1 客觀知識的總量與人類吸收知識的能力之間存在著巨大的差距 并且這種差距在不斷地擴大 2 在信息爆炸時代 隨著科學(xué)技術(shù)的越來越專業(yè)化 跨學(xué)科的信息傳遞變得更加困難 就會產(chǎn)生知識的分裂 并且隨著知識的持續(xù)增長 這種現(xiàn)象會更加嚴(yán)重 3 一個專業(yè)領(lǐng)域的信息可能對另一個專業(yè)領(lǐng)域是有價值的 跨學(xué)科間一定存在著潛在的未被發(fā)現(xiàn)的關(guān)聯(lián) 非相關(guān)文獻的隱含關(guān)聯(lián) 1985年Swanson在一個偶然的機會 發(fā)現(xiàn)2篇醫(yī)學(xué)文獻放在一起 會揭示出一個問題的答案 而這個答案是從單獨一篇文獻得不到的 這預(yù)示著在醫(yī)學(xué)文獻中存在著大量的未被發(fā)現(xiàn)的隱含的關(guān)聯(lián) 例如 A表示一種物質(zhì)的攝入可能導(dǎo)致一種獨特的生理改變B 而B又作用于身體的某器官或一種疾病C 如果把兩類文獻放在一起 加以研究就會獲得有用的信息 即A作用于C 而這種信息是不能根據(jù)單獨一類文獻得到的 稱為AB和BC這兩種文獻是互補的 非相關(guān)文獻的隱含關(guān)聯(lián) 一個專業(yè)領(lǐng)域的文獻的作者和讀者 一般并不熟知另一專業(yè)領(lǐng)域的文獻 也就是說兩類文獻從沒有或很少被共同引用 并且也不相互引用 我們稱這兩類文獻是相互獨立的 也就是非相關(guān)的 這種情況 對兩個不同的醫(yī)學(xué)專業(yè)領(lǐng)域是經(jīng)常存在的 因此幾乎沒有人考慮到 把兩類文獻放在一起加以研究 也不會有人注意到A和C之間可能存在的隱含關(guān)聯(lián) Medline文獻集合 DonR Swanson的研究 潛在的聯(lián)系 雷諾氏病文獻 食用魚油文獻 血液粘稠度紅細(xì)胞脆性 閉合式的知識發(fā)現(xiàn) 閉合式知識發(fā)現(xiàn)過程是從A和C出發(fā) 尋找共同的中間詞B Swanson開發(fā)的網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用軟件ARROWSMITH即體現(xiàn)了閉合式挖掘這一思想 在成功預(yù)言了鎂缺乏與神經(jīng)系統(tǒng)疾病 1988年 的關(guān)系之后 Swanson又利用ARROWSMITH系統(tǒng)成功地預(yù)言了消炎痛與阿爾茨海默氏癥 1996年 雌激素與阿爾茨海默氏癥 1996年 游離鈣磷脂酶A2與精神分裂癥 1998年 之間的關(guān)系 并發(fā)現(xiàn)了可以作為生物武器的潛在病毒 2001年 閉合式的知識發(fā)現(xiàn) ARROWSMITH3 0 http arrowsmith psych uic edu 可作為生物武器的潛在病毒 能夠成為生物武器 致病性 傳播性 同時涉及到病毒這兩個特性的文章卻特別少 A 病毒毒力遺傳方面 virulence genetic C 病毒疾病傳播力病毒的昆蟲媒介傳播 insectvectors 空氣傳播 air 在空氣中的穩(wěn)定性 stabilityofvirusesinair 通過與A和C有共同聯(lián)系B找出更多符合條件的病毒 將得到的文獻經(jīng)過一些系列的處理 Arrowsmith列出了三個有意義的B LIST 病毒的集合 通過進一步的統(tǒng)計學(xué)分析和查閱文獻 最終找出相對有意義的病毒 B 發(fā)現(xiàn)科研機構(gòu)間潛在的合作方向 利用Arrowsmith程序 發(fā)現(xiàn)美國斯坦福大學(xué)和哥倫比亞大學(xué)在醫(yī)學(xué)信息學(xué)研究領(lǐng)域的潛在合作方向嘗試將這種方法運用到尋求發(fā)現(xiàn)科研機構(gòu)合作與交流的領(lǐng)域中 結(jié)果表明 利用Arrowsmith所挖掘的科研合作與交流的內(nèi)容詳細(xì) 明確 能體現(xiàn)出研究所使用的具體方法和側(cè)重點 能更好地體現(xiàn)出兩個機構(gòu)研究內(nèi)容的相似點 可以合作之處 和不同點 可以相互交流 學(xué)習(xí)之處 開放式知識發(fā)現(xiàn) 開放式知識發(fā)現(xiàn)的過程是 對某個初始研究主題A 在MEDLINE的標(biāo)題字段檢索其相關(guān)文獻 尋找與A在標(biāo)題中共同出現(xiàn)的中間詞B 通過篩選得到有一定意義的B 進而重復(fù)上述過程 得到目標(biāo)詞C 開放式挖掘初衷是從某個疾病或藥物初始 尋找疾病的潛在病因和治療方法或者藥物的潛在治療應(yīng)用 開放式的知識發(fā)現(xiàn) BITOLAhttp www mf uni lj si bitola 輸入單個的概念 疾病A 找到該概念的第一層相關(guān)概念并加以歸類 藥物B 從第一層相關(guān)概念 藥物B 出發(fā) 找到它們的相關(guān)概念 并加以歸類 基因C 檢驗基因和疾病是否有關(guān)聯(lián) 如果沒有 該基因與疾病有潛在的聯(lián)系而且并沒有文獻報道 提示 與疾病 生理學(xué)反應(yīng)或者其他表型相關(guān)的新基因 藥物或者神經(jīng)科學(xué) BITOLA BITOLA open BITOLA close BITOLA close BITOLA close 生物醫(yī)學(xué)信息檢索技巧 學(xué)術(shù)搜索引擎Googlescholar的使用Scius的使用MedicalMatrix網(wǎng)絡(luò)資源利用工具Facultyof1000MedicineRRS的使用 Google學(xué)術(shù)搜索 提供可廣泛搜索學(xué)術(shù)文獻的簡便方法 來自學(xué)術(shù)著作出版商 專業(yè)性社團 預(yù)印本 各大學(xué)及其他學(xué)術(shù)組織的經(jīng)同行評論的文章 論文 圖書 摘要和文章 標(biāo)題 鏈接到文章摘要或整篇文章 如果文章可在網(wǎng)上找到 引用者 提供引用該組文章的其他論文 相關(guān)文章 查找與本組文章類似的其他論文 圖書館鏈接 在線 通過您已建立聯(lián)屬關(guān)系的圖書館資源找到該項成果的電子版本 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也就是可以不必登錄各個提供信息的網(wǎng)站而通過客戶端瀏覽方式 稱為 RSS閱讀器 或者在線RSS閱讀方式這些內(nèi)容 例如 通過一個RSS閱讀器 可以同時瀏覽新浪新聞 也可以瀏覽搜狐或者百度的新聞 RSS可以干什么 訂閱BLOG 訂閱與你有共同愛好的作者的Blog 訂閱新聞 訂閱期刊和PubMed上的相關(guān)記錄 你可以訂閱你工作中所需的技術(shù)文章 你再也不用一個網(wǎng)站一個網(wǎng)站 一個網(wǎng)頁一個網(wǎng)頁去逛了 只要這將你需要的內(nèi)容訂閱在一個RSS閱讀器中 這些內(nèi)容就會自動出現(xiàn)你的閱讀器里 你也不必為了一個急切想知道的消息而不斷的刷新網(wǎng)頁 因為一旦有了更新 RSS閱讀器就會自己通知你 RSS的使用 使用RSS獲取信息的前提是 先安裝一個RSS閱讀器 然后將提供RSS服務(wù)的網(wǎng)站加入到RSS閱讀器的頻道即可 大部分RSS閱讀器本身也預(yù)設(shè)了部分RSS頻道 如新浪新聞 百度新聞等 RSS的使用 在許多新聞信息服務(wù)類網(wǎng)站 會看到按鈕 有的網(wǎng)站使用一個圖標(biāo) 有的同時使用兩個 這就是典型的提供RSS訂閱的標(biāo)志 這個圖標(biāo)一般鏈接到訂閱RSS信息源的URL 當(dāng)然 即使不用這樣的圖標(biāo)也是可以的 只要提供訂閱RSS信息源的URL即可 本課程學(xué)習(xí)的重點 數(shù)據(jù)挖掘的定義數(shù)據(jù)挖掘分類數(shù)據(jù)挖掘的過程數(shù)據(jù)挖掘的算法 2種 聚類與分類共現(xiàn) 同被引 引文耦合可共現(xiàn)分析的字段 說明問題實習(xí)過程 數(shù)據(jù)挖掘的過程